石東藏

備受世人所喜愛的企鵝將遭遇史上最大危機，邪惡科學家大章博士將製造邪惡毒清，一舉殲滅世界上所有的企鵝，讓牠們不能再賣萌，這場大戰，還要納入"放風所"所提供的專業能力，來拯救企鵝世界。兩組不對盤的人馬，企鵝四人組:老大、菜鳥、涼快與卡哇伊，搭配上零零漆密探、美肌哥哥、夏娃與短哥，又會激盪出甚麼趣味火花呢?

企鵝VS放風所之爭

相較於放風所有高額預算，擁有高級設備，企鵝四人組全憑一身功夫，凸顯出四人的合作無間，如果說放風所所呈現的是大成本商業電影常出現的爆炸、聲光效果，那麼企鵝四人組則偏向以演員魅力所凝聚的風格。在<馬達加斯加爆走企鵝>，企鵝中的老大一度曾迷惘，認為因為自己判斷失利，因而失去了重要夥伴，於是願意接受放風所的領導。在尾聲之際，意識到自己的夥伴，還是應該自己救，重新找回了自我，也讓四人的黃金組合再聚。

反派的憎恨

<馬達加斯加爆走企鵝>在電影裡，巧妙反諷了人類的心態:喜新厭舊，對於"可愛"、"獨特"無法抗拒，甚至戲謔了紀錄片常假紀錄之實，去干擾了動物的真實生活。電影的反派角色，雖然也是以博士為主要角色設定，但電影添入動物元素，讓章魚巧扮人類博士，進行滅企鵝的復仇大業。大章博士一邊說著自己悲慘的過去，同時也讓人深思動物園的設置意義，到底動物園的存在，是給予動物一個棲息之地，還是只是成為人類拘禁動物的遊戲場?章魚因為不受喜愛，不斷在城市、國際間被交換贈送，至此動物成了一個物品，顯得更加悲涼。相較於章魚，企鵝雖然深受喜愛，但這樣的喜愛，依舊是立基在淺薄之點:企鵝可愛，一旦企鵝不可愛就可以任意撲殺，這亦是電影想探討的議題，人類決策甚麼動物可以食用、甚麼動物可以撲殺，往往在於一己之"思"。雖然大章博士意識到企鵝就是憑牠們可愛的外貌取勝，卻忘了其實最終根源來自於人類，也或許在大章博士心中，仍希望能獲得所謂萬物之靈的人類所喜愛，重回寶座。

找尋自我

相較於其他夥伴在團隊裡的貢獻，菜鳥總希望也能奉獻一己之力，不同於其他夥伴，菜鳥是最晚誕生，老大發布命令、卡哇伊就像軍師、涼快則是囤貨(像是後備奧援)，而牠似乎無足輕重，總是被夥伴說可愛就足夠，在電影裡三名夥伴被毒清所害，而牠也因此能一展長才，找尋到真正的歸屬與立基點，並意識到牠所謂的可愛，還真能派上用場。在電影裡運用了許多間諜電影的元素，但仍不忘了放入了找尋自我、發展天賦，並接受自我的關鍵之因。